Una actividad para conservar la biodiversidad es la identificación de las especies que componen los ecosistemas. La metodología para la evaluación del estado de conservación de especies prioritarias, es una valiosa herramienta para la conservación de la biodiversidad. Los ambientes dulceacuícolas y sus diversidad biológica están considerados los más amenazados mundialmente. La diversidad de nuestra ictiofauna se corresponde con la de la región Neotropical. Dentro de la cuenca del Río Queguay existe una área llamada Rincón de Pérez que forma parte recientemente del Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SNAP), por lo cual se realizó un listado de la diversidad de peces que se encuentra en la cuenca, y se zonificó la cuenca de acuerdo a la presencia de especies prioritarias para la conservación de SNAP. El muestreo fue abarcando la mayor cantidad de ambientes presentes en la cuenca, y se utilizaron para la captura: pesca eléctrica en cañadas y arroyos; redes de arrastre en zonas litorales de arroyos y ríos; redes de enmalle en los cauces principales; y redes de mano en humedales. El listado se conforma por 92 especies, agurpadas en 59 géneros y 26 familias; y se zonificó en nueve sitios de prioridad para su conservación. Se encontró una especie no descrita aún y endémica de los humedales de la cuenca, probablemente sea considerada amenazada y de interés para la conservación.