La Mastitis Bovina es una enfermedad del ganado lechero. Los principales agentes etiológicos en nuestro país son Streptococcus agalactiae, Streptococcus dysgalactiae y Streptococcus uberis. Las técnicas de identificación fenotípicas son las más utilizadas, pero tienen ciertas limitaciones, ya que su interpretación puede ser subjetiva. Actualmente existen técnicas que utilizan el ADN como base para la identificación a nivel de especies de diferentes cepas. El uso de antibióticos para el tratamiento y control de la mastitis está ampliamente extendido en el mundo y el mal uso ha llevado a una gran presión selectiva generando cepas resistentes. El hecho de poder identificar con mayor precisión los agentes biológicos y los genes de resistencia que estos contienen en su genoma nos permite una mejor selección de los antibióticos para el tratamiento de esta enfermedad. Se utilizaron 69 cepas aisladas de leche mastítica procedentes San José. Mediante PCR Múltiplex se identificaron cepas de Streptococcus. spp. y se buscaron genes de resistencia. Se obtuvieron diferencias significativas (p= 0,02) entre la detección fenotípica y genotípica; 22% de cepas identificadas fenotípicamente como S. dysgalactiae eran genotípicamente S. uberis. Otro de los hallazgos importantes fue que un 23% de las muestras que no se llegaron a identificar la especie en el laboratorio de origen resultaron ser S. uberis. No se detectaron genes de resistencia a antibióticos en ninguna de las cepas analizadas Este es el primer estudio en Uruguay focalizado en la identificación genotípica de cepas de Streptococcus concluyendo que es una técnica rápida y confiable.